新冠肺炎疫情发生以来，“实验室病毒泄漏”、“人工合成新病毒”等流言在网络上持续传播，其中大部分围绕中科院武汉病毒所。该所石正丽研究员率领的团队是蝙蝠病毒研究领域的权威，是中国SARS（严重急性呼吸道综合征）病毒的源头攻克团队，在此次新冠病毒科研攻关中也已率先揭示新冠病毒与来源于中国菊头蝠样本的一株冠状病毒（RaTG13 ）序列一致性达96%。
近日，由6位科学家组成的一支国际团队联合在virological.org网站上发表一篇新冠病毒起源相关的文章 “The Proximal Origin of SARS-CoV-2”。 virological.org网站是一个分析和解释病毒分子进化和流行病学的论坛，因此该文章尚未正式发表，但该文章被业内称为最专业的反驳，堪称“最强技术性分析”。
他们就新冠病毒基因组中的两个疑似人为干预的特征进行了功能性和结构性的比较分析，这些分析提供了大量的证据推论出：新冠病毒不会是实验室工程制造而泄漏的病毒，而应该是病毒自然进化的产物。
这6位科学家分别为著名病毒进化学家美国斯克里普研究院免疫学和微生物学系Kristian G. Andersen副教授（一作及通讯作者）、英国爱丁堡大学进化生物学研究所Andrew Rambaut、美国哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院感染与免疫中心主任W. Ian Lipkin、澳大利亚悉尼大学玛丽・巴希尔传染病和生物安全研究所教授Edward C. Holmes、美国杜兰大学医学院微生物与免疫学教授Robert F. Garry。
值得注意的是，作者当中来自哥伦比亚大学的Lipkin在国际流行病学领域声明显赫，被世界知名科普杂志《Discover》誉为“世界上最知名的病毒猎手”。 过去几十年来，Lipkin一直置身于世界疫情爆发的最前线，包括纽约西尼罗病毒（1999年）、中国SARS（2003年）、MERS（2012-2016 年）、美国寨卡（2016年）和印度脑炎（2017年）。2003年，Lipkin是首批应邀协助中国抗击SARS的国际知名专家。此后，他还协助建立了上海巴斯德研究所、广州生物医药研究所等研究机构。
就在此次疫情暴发后的1月28日至2月4日，Lipkin再次来到中国，针对新冠病毒推进与中方的合作计划实施。1月30日凌晨6时，钟南山院士在广州会见了Lipkin，就新型冠状病毒感染的肺炎疫情进行探讨，Lipkin当时说，有很多国际顶级科研团队期望参与到此次疫情防控中，和中国一起共渡难关。
根据哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院感染与免疫中心在该网站同时提供的一份总结，作者们提到，第一个疑似人工干预的特征是，基于结构模型模拟和早期生化实验，新冠病毒在受体结合区域（RBD）的氨基酸突变使得其相对于SARS-CoV而言与人血管紧张素转换酶2（ACE2）受体结合亲和力更高。
所谓的ACE2受体，即是人与冠状病毒结合的关键部分，也就是说，与人ACE2受体结合的亲和力越高，则病毒的传播性越强。而正是因为新冠病毒基因组序列上与受体结合的某些关键氨基酸突变与之前的科研文章中预测可用于增强亲和力的氨基酸突变一致，有传言即称这是由实验室定向突变而生成的人造病毒。
作者们在文章中分析，如果使用SARS-CoV的基因组为参考，之前的实验证明：新冠病毒中影响与人ACE2受体结合亲和力的6个相应氨基酸为L455，F486，Q493，S494，N501和Y505(注:F486代表在第486位的氨基酸是苯丙氨酸)。
在此前的研究中，实验证明如果SARS-CoV由亮氨酸突变为苯丙氨酸(即新冠病毒的F486)，则会显著提高病毒与人体受体结合的亲和力。然而，该突变在自然宿主蝙蝠和穿山甲的相关冠状病毒中都早已经存在了，也就不能说这是刻意人为生成的突变。
作者们还提到，不仅是F486，新冠病毒中其他5个关键氨基酸也与穿山甲的氨基酸序列完全一致。此外，F486并不是之前预测的改造病毒亲和力最强的突变方法，另外5个氨基酸也都有可能导致亲和力的增强。
总结中提到，如果真是某个分子生物学家的邪恶成果，那他完全有可能将应用已有的技术把其他5个氨基酸也都突变成为最可怕的一个的组合。所以看起来氨基酸F486的出现更像是新冠病毒针对人类和其他动物宿主发生的一个自然的进化突变。
第二个被质疑人工干预的关键特征是，新冠病毒在关键的刺突蛋白（S蛋白）上有1个可疑的酶切位点并在旁边发现了在其他冠状病毒中不存在的连续的12个核苷酸的序列。
值得注意的是，酶切位点通常是人工基因重组技术留下痕迹，因此也有传言据此称这是实验室改造的病毒。
尽管尚不完全清楚，但这个可疑酶切位点和连续的12个核苷酸的序列会使得新冠病毒在S蛋白上形成一个O-linked 的聚糖结构。而此前的研究则表明，类似的结构可以导致禽流感病毒和新城疫病毒提高致病性。
文章指出，新冠病毒与任何已知的冠状病毒在核酸序列组成上有不少细节上的变化，说明这个病毒并不是由一个已知的模板改造而生成的病毒。再退一步，即使的确存在一个不为科学界所知的病毒模板，且通过长期细胞培养的方式逐步得到提高受体结合亲和力的氨基酸突变的病毒，然而这个O-linked的聚糖结构是不可能能通过体外细胞培养的方式获得，因为这种突变通常需要机体免疫系统的参与才能产生。
在同一网站的另一篇由Bill Gallaher 教授发布的文章中也同样提到这一段特异的12个核苷酸的序列的突变插入。Gallaher认为，这不像是一个分子生物学家的常规操作行为，如果他真想做这个可怕的实验，他或许可以做的更好。
Gallaher甚至还分析认为，亲缘关系最近的蝙蝠冠状病毒RaTG13实际上“一点都不近”。他最后写道，“RNA不会撒谎”。
值得注意的就是，针对外界层出不穷的阴谋论，当地时间2月18日，国际顶级医学期刊《柳叶刀》（The Lancet）在线发表了一篇通讯文章，来自8个国家的27名知名公共卫生科学家签署声明：支持中国抗击 2019新型冠状病毒疾病(COVID-19)疫情中的科研、公共卫生、医务工作者。
该声明直指疫情期间出现的各种阴谋论。这27位科学家提到，在这次疫情中相关数据迅速、公开且透明的共享如今正受到关于该疾病起源的谣言和错误信息的威胁。“我们在此共同强烈谴责认为该新型冠状病毒疾病 COVID-19并非自然起源的阴谋论。”
这份声明认为，来自世界各国的科研工作者已经对引发该疾病的病原SARS-CoV-2的全基因组进行了分析并公开发表了结果，这些结果压倒性地证明了该冠状病毒和其它很多新发病原一样来源于野生动物。科学家们强调，阴谋论除了制造恐慌、谣言、偏见、损害全球共同抗击该疾病的工作外，别无它用。“我们支持世界卫生组织总干事的呼吁：促进科学的论证和团结，而非误传和猜想。”
这27位科学家包括：英国皇家学会的Jeremy Farra爵士，美国疾控中心（CDC）传染病中心（NCID）前主任James M Hughes，美国国家科学基金会前主任Rita Colwel，尼帕病毒的发现者之一、马来西亚医学科学院Sai Kit Lam教授，世卫组织全球疫情警报和反应网络（GOARN）指导委员会成员John S Mackenzie，以及多名美国国家医学科学院成员、传染病研究和公共卫生领域的权威科学家。
而在2月19日晚间，武汉病毒研究所在其官网也发布“致全所职工和研究生的一封信”，该信的署名为“中国科学院武汉病毒研究所领导班子全体成员”。该公开信称：网络流传涉及我所若干谣言，如“新冠病毒源于人工合成”“病毒是从P4泄露的”“军方接管P4”“某研究人员因病毒泄露死亡”“某研究生是‘零号病人’”“某研究员实名举报所领导”等，引发了各界的持续关注，对坚守科研一线的我所科研人员造成极大的伤害，也严重干扰了我所承担的战“疫”应急科研攻关任务。
该公开信表示：回首过去一个多月的艰辛付出，我们问心无愧！
附论文全文翻译（有部分删减）：
自中国湖北省武汉市首次报道新型肺炎（COVID-19）以来，关于致病性病毒的起源一直存在大量讨论和不确定性。新冠病毒感染现在在中国每个省份均有病例。截至2020年2月14日，确诊病例为64473例，其中1384例死亡。由于对轻度和无症状病例的报告有限，且该病毒显然能够有效地人际传播，最终的病例数字可能被低估了。基于该病毒有向卫生保健系统较薄弱的国家传播的可能性，世界卫生组织（WHO）已宣布新冠肺炎为国际关注的突发公共卫生事件(PHEIC)。目前还没有针对这种疾病的疫苗或特效治疗方法。
新冠病毒是已知的第7种可感染人类的冠状病毒。除新冠病毒外，SARS-CoV、MERS-CoV也可导致严重疾病，其余4个冠状病毒HKU1、NL63、OC43和229E与轻度呼吸道症状相关。
在这篇论文中，作者们回顾了可以从现有基因组序列数据的比较分析中推断出的新冠病毒的起源和早期进化。特别地，作者们提供了一个关于新冠病毒基因组显著特征的新观点，并讨论了这些特征可能出现的场景。重要的是，这项分析提供了证据，证明新冠病毒并非源自实验室，也不是一种故意制造的病毒。
通过对α和β冠状病毒（冠状病毒科家族）的基因组比较，确定了新冠病毒基因组的两个显着特征：第一，基于结构模型模拟和早期生化实验，新冠病毒似乎发生了进化，更易与人类的ACE2受体相结合;第二，新冠病毒在关键的刺突蛋白（S蛋白）上有一个可疑的酶切位点，并在旁边发现了在其他冠状病毒中 不存在的连续的12个核苷酸的序列，这个可疑酶切位点和连续的12个核苷酸的序列使得新冠病毒在S蛋白上形成3个O-linked 的聚糖结构。
新冠病毒受体结合区域的突变
本文来源于互联网:全球病毒猎手“拆解”新冠病毒，反驳阴谋论：RNA不会撒谎
